Francesco Saverio già noto come Francisco de Jasso Azpilicueta Atondo y Aznares de Javier era nato in una famiglia nobile di Javier nella regione della Navarra. La famiglia era finita in disgrazia dopo che i beni le erano stati sottratti dal re Ferdinando di Trastàmara. Per scampare alla miseria si nascose in Francia, andò a studiare teologia alla Sorbona diventando dopo pochi anni maestro.
Nel collegio ebbe l’occasione di conoscere Ignazio di Loyola, ben presto i due diventarono amici, ad alimentare la loro amicizia era il reciproco rispetto, la personalità combattiva di entrambi e la volontà di portare avanti la propria causa.
Nello stesso collegio si trovava Pierre Favre gesuita e teologo. I tre Ignazio, Favre e Javier fondarono nel 1534 la Compagnia di Gesù presso la chiesa di Montmartre (Papa Francesco rappresenta il primo pontefice proveniente dalla Compagnia di Gesù) proponendosi di osservare i voti di obbedienza, castità, pellegrinaggio in Terrasanta e povertà. In alternativa alla partenza in missione di evangelizzazione, di mettersi a disposizione del Papa.
Inizialmente i nuovi ordinati gesuiti non riuscirono per problemi logistici a partire in missione da Venezia. Francesco Saverio recatosi a Roma venne ordinato sacerdote nel 1537. Tre anni dopo nel 1540 Giovanni III del Portogallo chiese a Papa Paolo III di mandare missionari ad evangelizzare i popoli delle nuove colonie nelle Indie orientali e Francesco Saverio partì nel marzo del 1541, indicato come il miglior candidato da Ignazio.
A quel tempo Lisbona era il luogo ideale per partire verso le Indie. Il viaggio, che doveva circumnavigare l’Africa, durò oltre un anno, giungendo nella colonia portoghese di Goa nel maggio dell’anno seguente. Francesco Saverio continuò la sua missione di evangelizzazione spingendosi a Taiwan e poi ancora nelle Filippine.
Negli anni successivi andò nella penisola di Malacca in Malaysia e poi a Kagoshima in Giappone, diffondendo fra gli abitanti del posto la sua opera di evangelizzazione. Non ancora soddisfatto decise di recarsi in Cina per cominciare anche lì un percorso per far conoscere il Vangelo. Durante il viaggio si ammalò gravemente, fu lasciato sull’isola di Sancian dove morì nel 1552. Il corpo di Francesco Saverio fu trasportato nella colonia di Goa dove ancor oggi riposa nella chiesa del Bom Jesus.
La chiesa del Bom Jesus di Goa in India è ancor oggi luogo di culto e pellegrinaggio per molti indiani e rappresenta uno dei 39 siti indiani presenti nella World Heritage List dell’Unesco.
Una sua reliquia, ovvero il braccio destro, fu inviato a Roma, dove è attualmente conservato nel reliquiario della chiesa madre della Compagnia del Gesù dal 1614. Altre parti del corpo nel corso degli anni furono sottratte da fedeli interessati a possedere una sua reliquia. La chiesa parrocchiale della Garbatella a Roma conserva un piccolo frammento del corpo.
San Francesco Saverio si ricorda nel giorno della sua morte il 3 dicembre considerandolo Patrono delle Missioni. E’ usanza celebrare in suo onore una novena chiamata “della grazia”, associata alla miracolosa guarigione di un giovane padre gesuita Marcello Mastrilli, avvenuta per intercessione del santo nel 1636. Questo miracolo lo ha reso grande taumaturgo soprattutto nel risolvere casi disperati.
Il suo nome richiama la congregazione dei Fratelli Saveriani, così come la santa Francesca Saverio Cabrini aggiunse Saverio al suo nome in memoria del santo, dato che era suo desiderio andare ad evangelizzare l’Estremo Oriente.
In memoria di Francesco Saverio nei nove giorni che precedono la sua ricorrenza viene pronunciata la novena di preghiera per invitare il santo ad intercedere presso Dio per la concessione di grazie a protezione dei fedeli.
San Francesco Saverio canonizzato con Ignazio di Loyola da papa Gregorio XV il 12 marzo 1622 è chiamato anche “Il san Paolo d’Oriente”.