Si suppone, sulla base di testimonianze storiche, che in questo sito esistesse un luogo di culto fin dalla prima metà del XIII secolo, con la medesima intitolazione.L'architettura della chiesa è a pianta rettangolare, con navata unica molto allungata che termina in tre absidi, delle quali la centrale è più grande e di forma pentagonale. Sul lato sinistro si aprono delle cappelle laterali, mentre sul destro sono presenti monumenti parietali e altari.La facciata è aperta in alto da un rosone, mentre la parte inferiore presenta un loggiato in pietra a cinque arcate, con alla base delle lastre tombali.La chiesa era in origine molto ricca di decorazioni, ma queste andarono in larga parte perdute durante il bombardamento americano dell'11 marzo 1944. Si trattò di una delle più gravi perdite di patrimonio artistico a causa della guerra: la facciata, il soffitto e la parte absidale furono distrutte e ricostruite nel dopoguerra seguendo l'originale.Vi si trovano gli affreschi della Cappella Ovetari del Mantegna e di altri pittori, come Ansuino da Forlì. Essi sono stati ricostruiti e riesposti al pubblico dal 2006, proprio a partire dall'importante frammento di Ansuino, dopo essere stati distrutti nel bombardamento del 1944.La cappella maggiore, nell'abside, è decorata da un ciclo di affreschi di Guariento conservatosi solo per metà, con le Storie di San Filippo e Sant'Agostino, a sinistra, mentre a destra è ormai leggibile solo la fascia inferiore con le allegorie dei Pianeti e delle Età dell'uomo nello zoccolo. L'opera risale al 1361-1365 ed è chiaro l'influsso dei poco lontani affreschi di Giotto nella Cappella degli ScrovegniLe scene superstiti sono:San Filippo costretto a sacrificare a MarteMiracolo della CroceIncontro di San Filippo con i vescoviVisione e vestizione di Sant'AgostinoIl crocifisso dietro l'altare è opera del veneziano Nicoletto Semitecolo (1367).A destra e a sinistra dell'ingresso si conservano i due monumenti funebri di Ubertino e Giacomo II da Carrara, qui trasportati dalla distrutta chiesa di Sant'Agostino all'inizio del XIX secolo: essi furono realizzati, rispettivamente, nel 1345 circa e nel 1351, dallo scultore veneziano Andriolo de Santi, da altri due artisti veneziani e dal lombardo Bonino da Campione a cui si sono attribuite le due "Madonne con il bambino" nelle nicchie centrali dei sarcofagi.
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