La storia Intorno all'anno Mille, precisamente nel 1004, una comunità di monaci, discepoli dell'Abate Nilo provenienti dalla Campania, trova rifugio nel monastero di S. Agata, sui colli Tuscolani. Qui sorgevano i resti di una grande villa romana, tra cui un piccolo edificio già sepolcro di epoca repubblicana, definito, per le sue finestre con doppia grata di ferro, Crypta Ferrata. Secondo la leggenda, in questo luogo S. Bartolomeo e S. Nilo ebbero l'apparizione dalla Madonna, che chiese la costruzione di un Santuario a lei dedicato. Nell'area, donata dal Conte di Tuscolo, i monaci cominciarono a fabbricare il primo nucleo del monastero, utilizzando il materiale dell'antica villa romana. Nel tempo il monastero divenne un centro di cultura di grande interesse grazie all'opera dei monaci "amanuensi", che prepararono i codici in parte conservati nella biblioteca. La chiesa nacque nel 1024 grazie a S. Bartolomeo. Orientata da occidente a oriente, è affiancata sulla destra, dall'antica Cripta. Il Santuario Restaurato nel 1910 è una costruzione romanica con motivi bizantini, divisa da otto colonne di marmo in tre navate. La facciata è stata ripristinata nelle forme originarie, con il rosone e le finestre in marmo traforato, gli archetti ciechi in stile gotico e le cornici in laterizio, decorate ai lati. A destra della chiesa si trova il campanile duecentesco formato da sei ordini, con archetti e trifore a colonnine e piastrelle policrome in ceramica. L'atrio è composto da colonne in travertino, ricostruito nelle forme originarie nel 1930. Il nartece è formato da pavimenti a spina, soffitto in legno e finestre in marmo traforato. A sinistra è posto un fonte battesimale di forma cilindrica dell' XI secolo; poggiato su leoni alati, è costituito da una decorazione simbolica a bassorilievo. Sempre a sinistra si trova un altare su cui spicca un affresco che raffigura Cristo risorto che libera le anime dall'Ade. La porta è decorata sugli stipiti con un bassorilievo in marmo, con intarsi di pietre e pasta vitrea. É in stile romanico-bizantino, con le ante in legno scolpito e di varie misure. Sopra si nota un mosaico bizantino dell' XI secolo, che rappresenta Gesù Benedicente seduto in trono con il Vangelo di S. Giovanni. Ai lati la Madonna, S. Giovanni e la figura di un monaco. L'interno della Chiesa, prima in stile romanico, ha subito delle modifiche nel 1754; il rivestimento in stucco del periodo barocco ha ricoperto gli affreschi alle pareti e le colonne sono state trasformate in pilastri. Il pavimento è in marmo policromo del XIII secolo. L'arco trionfale divide la navata centrale dal presbiterio ed è decorato da un mosaico medievale del XII secolo, che raffigura la "Pentecoste". Sopra il mosaico resta parte del ciclo degli affreschi medievali. La navata centrale è impreziosita da un portale in marmo con stipiti scolpiti e battenti in cedro. Al centro del sagrato del tempio si trova la fontana liturgica, a forma di tempietto gotico. A metà della navata si accede alla cappella farnesiana, dedicata ai fondatori del Santuario - S. Nilo e S. Bartolomeo - con affreschi del Domenichino. L'altare è stato alzato nel 1665 dal cardinale Francesco Barberini da parte del Bernini. É decorato da marmi preziosi e sculture con due grandi angeli in adorazione di fronte alla Madre di Dio. Sull'altare, tra i due santi fondatori, è posta l'icona Theotokos, di origine bizantina e rappresenta la famosa Madonna con Bambino. É dipinta tempera su tavola e ritrae le caratteristiche proprie dell'Odighitria, con lo sfondo tutto d'oro. Da dove provenga resta un mistero, probabilmente da Costantinopoli... Da visitare, oltre al monastero e alla Chiesa, troviamo la rocca, la loggia, le catacombe, il museo e la biblioteca.
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